El proceso de negociación es implementado por la División de Educación Superior, con la asistencia de la Unidad de Análisis y Convenios de Desempeño del Programa MECESUP 2 y profesionales de calificaciones y experiencia destacadas (Encargados de Negociación ó Negociadores). Los Negociadores son contratados por el Ministerio de Educación. El Negociador facilita el proceso de preparación del plan definitivo, la negociación de recursos y las condiciones contractuales del convenio, como también conduce el seguimiento y evaluación de las acciones y resultados comprometidos. Las fases son las siguientes.

1) Comisión y Asignación de Universidades Ganadoras a los Negociadores
Una vez se adjudiquen las universidades seleccionadas, se comunica a cada uno de los negociadores, la universidad con la cual negociar.
Responsable: Jefe DESUP.

2) Conocimiento de la Propuesta Preliminar de PMI
Cada negociador estudia la documentación a fin de preparar una reunión con la Coordinación de Convenios de Desempeño. En esta reunión se aclaran dudas, establecen acuerdos y definen las los procedimientos para la puesta en marcha del proceso de negociación.
Responsables: Negociadores, Coordinador Mecesup2.

3) Socialización de las Pre-Propuestas entre los Negociadores
Cada negociador prepara una presentación de la Pre-propuesta que le corresponde negociar y la presenta al resto de los negociadores y la Coordinación de Convenios de Desempeño, para su conocimiento, comentarios y sugerencias que procedan.
Responsables: Negociadores.

4) Instalación del Proceso de Negociación del CD en cada Universidad Seleccionada
La División de Educación Superior, en conjunto con la Coordinación de CD, solicitan a cada universidad ganadora, la realización de un Consejo Académico extraordinario, para efectos de instalar institucionalmente el proceso de negociación del CD. En esta reunión se efectúa la presentación de objetivos del instrumento y los resultados esperados. Además, se presenta formalmente al Negociador, explicitando su rol y atribuciones en calidad de representante del Mineduc.
Responsable: Jefe DESUP y Coordinador Mecesup2.

5) Aclaración de la Propuesta Preliminar de Plan de Mejoramiento Institucional
Se inicia el proceso de negociación con reuniones del Negociador con el equipo responsable del Convenio de Desempeño designado por la Universidad. En estas reuniones se aclaran los términos y alcances del PMI preliminar esbozado en la Pre-propuesta y las condiciones de selección determinadas por el Comité Directivo y aceptadas por la institución.
Responsable: Negociador, Contraparte Universitaria.

6) Definición de la Metodología para Poner en Marcha el Proceso de Negociación
En reunión entre el Negociador y la Contraparte Universitaria se establece el método de trabajo que se aplica en el proceso, se prepara un plan de acción y el cronograma respectivo para elaborar el PMI definitivo a 3 años.
Responsables: Negociador, Contraparte Universitaria.

7) Diseño y Elaboración del Plan de Mejoramiento Institucional Definitivo
Esta fase implica definición de componentes, resultados esperados, hitos, indicadores, metas, formas de medición y recursos necesarios.
Responsable: Contraparte Universitaria.

8) Negociación del Plan de Mejoramiento Institucional Definitivo y Preparación del Convenio de Desempeño
El Negociador revisará la propuesta de PMI definitivo y negociará con la Contraparte Universitaria de modo de asegurar el cumplimiento de objetivos y resultados esperados. Los acuerdos a los que se lleguen permitirán la preparación del Convenio de Desempeño que se firmará entre ambas partes.
Responsables: Negociador, Contraparte Universitaria.

9) Aprobación del Plan de Mejoramiento Institucional Definitivo y Asignación de Recursos Financieros
El Comité Directivo aprobará el PMI definitivo y la asignación de Recursos Financieros.
Responsables: Negociadores, Coordinación de CD, Comité Directivo de CD.