El objetivo del instrumento es alinear las misiones institucionales con las prioridades nacionales y regionales, la autonomía universitaria con la rendición de cuentas pública (accountability) y el desempeño institucional con el financiamiento público. Al implementar los Convenios de Desempeño, se apoyará e incentivará estrategias para la reestructuración y modernización de las universidades y el desarrollo de planes de mejoramiento institucional en áreas de prioridad nacional.

Los Convenios de Desempeño serán de 3 años, contados a partir de la fecha de total tramitación del acto administrativo que apruebe su ejecución. No obstante, la ejecución de las etapas correspondientes a los años siguientes deberá supeditarse a los recursos que se contemplen para dicho efecto en la Ley de Presupuestos del año respectivo y además al avance y cumplimiento de los resultados e indicadores de resultados comprometidos.