El Programa Mecesup 2, en su  fase 1 ( 2005-2008), está realizando una implementación piloto de los Convenios de Desempeño Institucional en 4 Instituciones de educación superior estatales. Con esta experiencia se espera aumentar la rendición de cuentas del uso de los subsidios públicos a través de convenios de desempeño institucional.

Los CD se basan en acuerdos entre el Ministerio y la Institución, mediante los cuales las instituciones reciben apoyo gubernamental para ejecutar en 3 años un Plan de Mejoramiento Institucional  (PMI) con indicadores de desempeño y metas claramente definidas.

Cada Convenio de Desempeño se negocia entre el Ministerio de Educación y la Institución, dentro de un marco que abarca elementos tales como: el plan estratégico de la institución, los resultados de los procesos de acreditación los logros de la institución en la provisión de educación terciaria, gobernabilidad, gestión, finanzas y prioridades nacionales, regionales y ministeriales.