La Estructura del Programa Mecesup2, incorpora la Unidad de Análisis y Convenios de Desempeño, constituida a contar de enero del 2006 como una instancia de apoyo a la Coordinación General del Programa en materias de monitoreo y evaluación del programa basado en resultados y en la implementación de los Convenios de Desempeño Experimentales. Los objetivos principales de esta Unidad son:

• Implementar y consolidar el sistema de seguimiento y estadísticas / monitoreo y evaluación del Programa Mecesup, basado en resultados verificables  y medidos con sus respectivos indicadores.

• Apoyar la Implementación de los Convenio de Desempeño Experimentales en Universidades Estatales Acreditadas, lo que involucra la participación desde la Etapa de Diseño hasta  el seguimiento en su Etapa de ejecución.

• Registro,  seguimiento y estadísticas de Becas de Postgrado de MECESUP, a través del área de Becas del Programa.

• Proveer información analítica y descriptiva, agregada a nivel institución y programa, a agentes externos (BIRF, DIPRES, CONICYT, etc.) e internos, acerca del desarrollo y resultado del programa MECESUP.